十几分钟后。
“嘀——”
屏幕上的红色数字归零,测序仪发出鸣响。
张沐晨立刻睁开眼,眼神清亮。
他腾的一下起身,比谁都快,来到仪器前。
“八个节段的非编码末端全部闭合,免RACE跨越成功。”
张沐晨快速调出同源性比对模块,接入国家病毒库。
屏幕上的进度条快速向前推进。
顾弘院士和几位教授身子前倾,屏气凝神的盯着屏幕。
五分钟后,八个节段的同源溯源图展开。
屏幕上红、蓝、绿三色杂乱。
PB2节段,北美禽流感谱系,同源性99.1%。
PB1节段,人类季节性H3N2谱系,同源性98.7%。
PA节段,北美禽流感谱系。
HA与NP节段,经典北美猪流感谱系。
NA与M节段,欧亚大陆猪流感谱系……
看到分析出来的节段,除了张沐晨,实验室里的所有人纷纷陷入惊愕。
“这......这是什么意思?”赵宏博教授脸色古怪,“PB1来自人流感,聚合酶两个亚基来自禽,表面抗原和膜蛋白居然跨了北美和欧亚两个大洲的猪谱系?”
王所长皱眉:“这八个节段分属三个不同宿主,像是人、猪、禽三源病毒拼装的结果。”
王所长的话一出,顾弘院士的眉头同样皱起来。
“流感病毒可以像积木一样拆分组装,交换基因片段。1957年的亚洲流感H2N2、1968年的香港流感H3N2,都是禽流感片段换掉了人流感表面抗原,但都保留了人类流感的主体结构。”
“但这一株不一样。”顾院士点着图谱,“除了PB1片段,其他的表面抗原全部来自北美猪群和欧亚猪群。它没有在人身上变异,而是在猪身上组装。这很奇怪。”
众人沉默。
没错,一株病毒竟然把分属不同物种的基因节段缝合在一起,这在流行病学里很不常见。
“难道......是实验出错了?”王所长喃喃自语。
他第一反应倾向于实验错误。
“顾院士,各位老师,我认为这个病毒结构其实是符合进化逻辑的。”张沐晨忽然出声。
赵宏博教授立刻转过身看向他:“张医生,你有什么想法?说说看。”
张沐晨:“大家之所以觉得它拼装得不合理是因为把猪当成了被动宿主。但猪的呼吸道上皮细胞非常特殊,同时表达了人类流感偏好的α-2,6受体和禽流感偏好的α-2,3受体。”
“也就是说猪的呼吸道上皮细胞是一个完美的基因混合容器。”
话音落下,各位教授各自摸着下巴消化内容。
片刻后,顾弘院士点点头:“很有说服力。如果真的是在猪的呼吸道上皮细胞内发生重组,理论上是可以拼出这个构型。”
大家互看一眼,纷纷颔首。
理论上说得过去!
“不过在定论之前,我们不能忽略另一种可能。”顾弘院士忽然再次出声。
这一次,他的神情格外凝重。
“诸位,如果这株病毒不是自然演化,而是人工合成的呢?”
这话一出,所有人纷纷色变。
人工合成?
一旦涉及反向遗传学改造或者跨物种嵌合,性质就将从疫情升级为最高级别的生物安全危机!
.........
第136章 张医生带着我们进
气氛变得沉默而紧张。
王所长吸了口气:“顾老,如果真是人为的,利用质粒反向遗传系统把欧亚和北美的谱系缝在一起,那.......”
顾弘院士忽然抬手,打断了王所长发散下去的猜测。
“行了。”
“不管怎么样,继续进行测序和疫苗的研发。”
顾弘院士看向所有人:“病毒来源这件事我会整理材料上报给相关领导。至于是不是人工合成的.......现在很难去找证据。我们是搞医学的,首要任务是防疫。刑侦层面的事情不归我们管。”
话音落下,气氛稍稍松动。
如果真是人工拼接的病毒,那么背后的一定藏着某个大型实验室或者国家........
张沐晨自始至终没插话。
在原本的历史轨迹中,甲型H1N1流感被世卫组织与各国权威科研机构定性为“源于猪群的自然基因重配”,实验室合成猜测一直属于阴谋论范畴。
但他没有开口反驳。
科学证据是一回事,国家安全防线又是另一回事。涉及生物安全的重大发现必须第一时间进入高层视野。
所以这不是张沐晨该管的事情。
他要做的是研发疫苗,防止疫情在国内爆发。
“顾老说得对,查源头有专门的部门去办,咱们得干正事。”王所长平复心情,道。
所有人纷纷颔首。
张沐晨看向大家:“刚才跑出来的只是初筛,我们需要继续深度测序,把八个节段的读长覆盖拉平。”
赵宏博教授点头:“张医生,你来安排吧。”
“赵老师,您负责原始数据,把均聚物区域的噪声按Q30阈值过滤。王所,您负责压液路流速,防止长链断裂。”
“好。”两人纷纷点头。
张沐晨戴上无菌手套,快步来到主控仪前。
光路校准、激光功率补偿、重设荧光采集阈值。
进样阀的关闭,第二轮测序开始。
...........
控制台上的绿灯规律闪烁。
张沐晨走下台,安静的等待机器倒计时。
顾弘院士走到他身边,问道:“沐晨,接下来的全基因组生信拼接、多重比对和突变矫正,你一个人能完成吗?”
张沐晨摇了摇头:“顾院士,您太高看我了。剩下的需要计算机和生物信息学的专家入场。”
没错。
第二轮下机时的原始数据有上千G。对这些数据进行分析、过滤、德布鲁因图拼接、长短读长混合纠错,需要的是专业人才。
所以这题对张沐晨来说,超纲了。
顾弘院士听到这里,呵呵一笑,打趣道:“原来也有你不擅长的领域,我还以为你能一个人包圆了呢。”
张沐晨挠了挠头:“顾院士,我也不是全能的。并行工程计算这一块,我确实不擅长。”
“哈哈哈,没关系。成立这个攻坚团队的第一天我就考虑到这一层了。”顾弘院士哈哈一笑。
“我联系了中科院基因组所的超算工程团队,带队的是国内生信和基因组组装领域的大拿。”
顾弘抬手看了眼手表:“算算时间,应该快来了。”
...........
五分钟后。
气闸室的门开启。
许振华教授拎着手提箱,带着一副金边眼镜走了进来。
在他身后,还跟着团队成员。
“来了。”顾弘院士呵呵一笑。
“顾老。”许振华走上前几步,道。
“今天早上我还在超算中心呢,接到顾老的电话我都吓了一跳。你们这进度未免也太快了吧?”
许振华看了一眼还在运行的测序仪,疑惑道:“非典那会,我带队接手全基因组组装,第十二天才开始搭集群。这次刚成立攻坚组,第二天就催我进场处理数据了?快的有点夸张了吧?”
跟在许振华教授身后的几个实验员也是有些惊讶。
他们知道自己的团队接了国家任务。但是前天刚通知成立攻坚组,第三天就建好文库建跑完了第一轮高通量测序?
这太匪夷所思了。
要知道平时怎么也需要十几天才轮得到他们进场处理数据。
顾弘看着面露惊讶的众人,呵呵一笑,解释道:“如果是我来主导这次的病毒测序,肯定不会那么快。但是这次情况特殊,我们请来了张医生。他是这次测序的主导力量,我和其他教授只是给他打打下手。”
“顾院士,您言重了。”张沐晨谦虚道。
“我说的都是实话,在场的教授都可以证明。是吧,小王。”
“对对对,张医生是我们的主导力量。但是顾院士也功不可没。”王所长说话滴水不漏。
都是深谙进步之道的人。
许振华教授侧过身,目光看向被众星拱月的张沐晨。
打量一眼。
哦豁,小伙子长得蛮帅蛮精神的嘛。
打量第二眼.....怎么有点眼熟?
打量第三眼......
许振华教授挑眉:“你.......你是前阵子在东京开新闻发布会的那个医生?”
他想起来了。
前阵子国际新闻报道东京闹疫情,有个中国医生出席东大医院的发布会。而这个人,就是眼前的年轻人!
“是我,许教授。”张沐晨轻轻点头。
许振华推了推眼镜,正色道:“既然是有真本事,那我也就不客套了。开始干活了。”
说完,他身后的实验员纷纷开始行动。
“顾老,小张医生,我需要先接管分布式节点。”许振华在屏幕上刷出一行行Linux挂载代码。